非居住者が社会保険に加入した場合の所得税計算は？

Q. ワーキングホリデーで来日している外国人労働者の方が、要件を満たしているため社会保険に加入することになりました。
現在この方は固定税率（20.42％）で所得税の計算を行っていますが、社会保険に加入した場合、給与の課税総額から社会保険料を差し引いた後に税率を掛けて所得税額を計算すれば良いのでしょうか。