36協定　特別条項の注意点は？

現在、弊社では通常の36協定（月45時間・年360時間）を締結していますが、事業拡大に伴いどうしてもこの範囲に収まらない月が出てくる懸念があります。そこで特別条項付き36協定の締結を検討しているのですが、なにか注意すべき点等はありますでしょうか？