出勤拒否した従業員の有給休暇の事後申請は拒否できる？

Q. 上司と揉め、出勤を3日間拒否した従業員がいます。後にその3日間について、欠勤ではなく年次有給休暇の申請をしてきました。
就業規則には年次有給休暇取得時は事前申請が必要との旨が記載されていますが、風邪で欠勤の場合等、事後申請を許容している背景もあります。
今回は申請を拒否できるのでしょうか。